Все остался последний шаг, это записать измененный документ.

Записать
Записать документ.

Синтаксис:
Записать()
Англоязычный синоним:
Write

Описание:
Метод Записать выполняет запись в базу данных текущего нового или измененного документа.
Замечание. Если этот метод применяется в Модуле формы документа непосредственно к документу локального контекста, то данный метод отрабатывает те же действия, как интерактивное нажатие пользователем кнопки с формулой "#Записать".

Пишем.

.......
Если ДокОсн.ВыпискаОснования = 0 Тогда
			
	Док = СоздатьОбъект("Документ.Док1");
        Док.НайтиПоНомеру(ДокОсн.НомерДок,Дата(0));
        Док.ВыпискаОснования=1;
	Док.Записать();
	ДатаДок=ДокОсн.ДатаДок;
Иначе
........

И теперь Вы сможете только один раз выписать документ на основании, при повторной попытке Вы получите сообщение.

Единственное что неправильно в этом коде, это место расположения модификации. Нужно менять флажок в момент записи документа. Ведь документ могут не сохранить.